É o órgão executivo da organização, com funções de planeamento estratégico e execução de políticas. É dirigido pelo Secretário-Geral, eleito pela Assembleia Parlamentar para mandatos de cinco anos. Thorbjørn Jagland (Noruega) vem exercendo este cargo desde 1 de outubro de 2009, tendo o seu mandato sido renovado em 2014.
Página oficial [1] do Secretário-Geral (Portal do CoE)
Página oficial [2] do Secretariado (Portal do CoE)