O Acordo é modificado pelo Acordo entre a Comunidade Europeia e a República Islâmica do Paquistão sobre certos aspectos dos serviços aéreos, assinado em 24 de Fevereiro de 2009 (Aprovado pela Decisão do Conselho 2009/517/CE, de 22 de Junho de 2009), a partir da entrada em vigor deste.