Se a queixa contiver os elementos essenciais acima indicados, o caso será registado, isto é, formalmente incluído na lista de casos para apreciação pelo comité em causa. O queixoso será notificado do registo.

Nesse momento, o caso é normalmente transmitido ao Estado Parte visado, sendo fixado um prazo para que este se pronuncie. A consideração de um caso divide-se em duas fases principais: a fase de determinação da admissibilidade e a fase de apreciação do fundo da questão. Na primeira, são examinados os requisitos formais que a queixa terá de preencher para que o fundo da questão possa ser examinado pelo comité competente. O “fundo da questão” refere-se ao conteúdo material do caso, com base no qual o Comité decide se os direitos previstos no tratado foram ou não violados.

Em regra, os Comités apreciam a admissibilidade do caso em conjunto com o fundo da questão. O prazo dentro do qual o Estado terá de responder varia consoante os procedimentos de cada um dos comités, mas é normalmente de 6 meses (a admissibilidade pode ser impugnada no prazo de 2 meses).

Logo que o Estado responda, é dada ao queixoso a oportunidade de replicar. Mais uma vez, os prazos variam um pouco consoante os procedimentos. A partir daí, o caso estará pronto para ser decidido pelo Comité competente. Se o Estado Parte não responder à queixa, mesmo após diversas advertências do secretariado, o comité tomará uma decisão sobre o caso com base na petição do autor.